Valstybinių auditų metu nustatinėjami viešųjų pirkimų įstatymo pažeidimai. Viešųjų pirkimų tarnybos teigimu, nuo 2012 iki 2015 metų atliekamų auditų metu, kasmet nustatoma nuo 100 iki 200 tokių pažeidimų. Jų kaltininkai yra ne tik baudžiami, o klaidos taisomos, taip pat yra teikiamos rekomendacijos, siekiant, kad panašių pažeidimų kiekis ateityje sumažėtų ar būtų visiškai išvengtas. Pateikiami dažniausi 2012-2015 metų pažeidimai daromi viešųjų pirkimų sektoriuje:

• Apie 20 procentų pažeidimų įvykdoma sudarant ir įgyvendinant viešųjų pirkimų sutartis. Dažniausiai perkančiosios organizacijos sudarytos sąlygos nesutampa su pirkimo dokumentuose tiekėjams pateiktomis sąlygomis. Skiriasi susitarimo vykdymo terminai, pratęsimo galimybės bei taisyklės, kiekiai (prekių, paslaugų ar darbų), procese dalyvaujančių šalių atsakomybės bei prievolės.

Taip pat nesilaikoma sutartyje numatytų, jos sąlygų keitimo nustatytos tvarkos. Dažniausiai vengiama kreiptis į Viešųjų pirkimų tarnybą, dėl jos pritarimo sutarties keitimui, nors tai  ir yra privaloma. Be to vykdomi pakeitimai, kurie iš esmės yra draudžiami po to, kai pasirašoma sutartis. Pavyzdžiui, įsigyjamų prekių, darbų ar paslaugų kiekiai, jų kaina.

• Iki 20 procentų visų nustatytų pažeidimų atvejų buvo nesilaikoma bendrųjų viešųjų pirkimų principų. To pasekoje būna neracionaliai panaudotos biudžeto lėšos. Perkančiosios organizacijos pasirenka netinkamus pirkimo būdus, nepateikia aiškių ir išsamių sutarties sąlygų, o dažniausiai vykdo papildomus pirkimus iš to paties tiekėjo, o ne organizuoja naują konkursą, naujam tiekėjui ir žemiausiai kainai surasti.
• 10 procentų pažeidimų įvyksta, kai perkančiosios organizacijos nesilaiko savo pačių sudarytų supaprastintų viešųjų pirkimų taisyklių.
• Iki 8 procentų atvejų nutinka, kai nesilaikomas tiekėjų kvalifikacijos reikalavimų. Didelė dalis viešųjų pirkimų sutarčių yra sudaromos su neatitinkančiomis kvalifikacijos reikalavimų įmonėmis, tiekėjais. Nepagrįstai atmetama dalis tiekėjų pasiūlymų nors šie atitinka pirkimo dokumentuose nurodytus reikalavimus, o pasirenkami prieš tai minėtieji. Taip pat dažnu atveju pamirštama paprašyti kvalifikaciją pagrindžiančių dokumentų bei pridėti juos prie sutarties. Tokiu būdu ribojama tiekėjų konkurencija, atmetami geros kokybės objektą (prekę, paslaugą ar darbą) parduodantys tiekėjai.

Teikiant rekomendacijas, pažeidimų nuolat mažėja, tačiau labai lėtais tempais. Ši sritis ir toliau vertinama, kaip labai rizikinga, todėl yra akylai stebima valstybės auditorių, atliekančių tyrimus.